Mahasiswa Program Magister Biologi diwajibkan untuk menyelesaikan minimal 40 hingga 44 SKS, dengan 6 SKS di antaranya untuk Tesis. Mahasiswa harus memiliki IPK minimal 3,00 untuk dapat dinyatakan lulus. Proses evaluasi kinerja akademik dilakukan secara berkala, dan beban SKS pada setiap semester ditentukan berdasarkan hasil IPK mahasiswa. Mahasiswa yang menunjukkan prestasi akademik yang baik dapat mengambil lebih banyak SKS pada semester berikutnya.

Tesis yang diajukan harus memenuhi standar akademik dan lulus ujian komprehensif serta ujian Tesis. Program ini dirancang untuk diselesaikan dalam waktu dua hingga tiga tahun, dengan batas waktu maksimal lima tahun.